朱载坖对于这些回教，一向是极为警惕的，因为这些回教势力想要把持政权，这是朱载坖所绝对不能容忍的，在对西域用兵之前，朱载坖就和大将们沟通过此事，李成梁这些大将们的态度是很明确的，既然碍事，就将这些人消灭掉就好了，对于官军来说，无非就是费些力气罢了，但是重要的就是在新疆建立大明的统治秩序，同时对于这些回教势力加以抵制，这点是极为重要的。
朱载坖就此事和重臣们商量，新疆毕竟是旧土新归，和大明内地的很多风俗还是不同的，朝廷必须要因地制宜的采取各种措施，保证朝廷对于这些地区的控制，同时就是抵御西方的这些回教势力，这点也是极为重要的，因为新疆以西，几乎都是回教的地盘，大明必须在新疆扎好篱笆，严防这些回教势力的渗透。
对于这个问题，重臣们也是极为重视的，新疆不仅仅是要夺回来，重要的就是要守住，否则的话，朝廷长期屯驻大兵于西极，对于朝廷的财政来说是一个极为沉重的负担，所以内阁和各部院都在积极的想方设法解决此事，内阁认为，要能够使得新疆长治久安，最重要的还是要改变当地的人口结构，现在当地全是胡人，自然是以信奉回教为主。
所以当务之急就是迁移人口到新疆区，就地屯田，改变当地的人口结构，除了卫所之外，也要迁移大量的百姓到新疆区，同时将北方各省流刑和杂犯死罪减死一等者，全部予以流放新疆，在当地屯垦，同时朱载坖再度发布大赦诏书，对于大明境内流刑以上者，除贪墨、十恶、拐卖人口、采生折割、杀人者斩立决之外，其余死罪减死一等，长流新疆，永不放回。
同时就是在当地兴办学校，这点也是极为重要的，这些胡人，也有自己的文字和语言，这些都对大明的统治是不利的，所以必须要大规模的兴办学校，汉化这些胡人，废止胡音，将大明和蛮夷分开，同时就是将大明内地的回教首领派往新疆，用大明的回教改造新疆本土的回教，同时抵制这些境外的回教，这才是现在要做的事情。
朝廷虽然收复了新疆，但是对于朝廷来说，考验才刚刚开始，朝廷能否将新疆治理好，对于朝廷来说也是一个极为重要的事情，朱载坖命令内阁和相关的部院要拟定详细的方案，同时朱载坖在和军机处商量新疆的兵防和作战事宜。
而戚金所统帅的大军也一路长驱直入，兵锋直指叶尔羌，试图一举消灭叶尔羌汗国，结束此战，阿布多克里木自然是不肯坐以待毙的，他多次向戚金请降，但是都被戚金所拒绝的，戚金所收到的上谕就是彻底消灭叶尔羌汗国，将阿布多克里木槛送京师，请降不是戚金能够决定的，见请降不成，阿布都克里木一面征发整个叶尔羌汗国的军队，另一面向同出于东察合台汗国的哈萨克汗国求援，请求哈萨克汗国拉兄弟一把。
当年察合台汗国分裂之后，克烈汗率领部分游牧部落向东迁徙，进入巴尔喀什湖以南中国明代西域察合台后裔政权东察合台汗国境内，在楚河、塔拉斯河广阔的土地上逐步形成了哈萨克民族。同时建立起来雄踞中亚的哈萨克汗国，哈斯木汗联合叶尔羌汗国，与昔班尼汗进行了长期战争。对内统一哈萨克诸部，其领地南部包括锡尔河流域及其城市，东南包括七河流域，东北达巴尔喀什湖以东以南，西部至雅克河流域。首府从锡晏那克城迁至土耳克斯坦城。
哈萨克汗国极盛时期占有较大领土，他们居住地区名为钦察草原，分大玉兹、中玉兹、小玉兹。又称大帐、中帐、小帐。中帐在哈萨克中部高地，小帐在乌拉尔河至里海，大帐在巴尔喀什湖以西至突厥斯坦。小帐也吸收不少诺盖人。东至额尔齐斯河、北至伊施姆河、图尔盖州、鄂木斯克，西至里海，南及锡尔河。哈斯木汗时代人口百多万，兵力三十万。
哈萨克汗国多次击败卫拉特部，成为在西域的一股重要的力量，现在哈萨克汗国的大汗是额什木汗，他也算是一个比较有能力的雄主，与中亚各国建立贸易关系，还用武力讨平塔什干统治者吐尔逊·穆罕默德的叛离，使哈萨克汗国重归统一。为了维护社会秩序，处理汗国内各种事务和刑事犯罪案件，他对《哈斯木汗法典》进行了补充，形成《额什木汗习惯法》，也称《古用法律》。其补充的内容包括以下几点：可汗有权制定适合他自己汗国的法律；比应当有专门的办事机构；巴图尔应师出有名并战必取胜；尊敬有学问的人。
而且哈萨克汗国和叶尔羌汗国同出一源，都是从东察合台汗国中分裂出来的，之前也一起对于卫拉特部，所以关系还是十分之密切的，在收到阿布都克里木汗的求援之后，额什木汗当即派了援兵支持叶尔羌汗国，和已经过上了定居生活的叶尔羌人不同，哈萨克人仍旧保留着相当的游牧风俗，同时由于哈萨克汗国不断地与卫拉特部和更西边的大小势力交战，战斗力在西域一代确实是不错的。
这次哈萨克汗国派遣了四万人前来支援叶尔羌汗国，加上阿布都克里木的所收罗的残兵败将和征发来的青壮，也聚集了十万之众，准备以此对抗官军，戚金自然也就是指挥官军包围叶尔羌，同时传檄马栋，转运重炮前来，命令马栋指挥官军的炮兵，对于这些准备据城死守的叶尔羌人，戚金自然是不会客气的，趁机给哈萨克汗国上上课也是极为必要的。
之前朝廷就通过卫拉特四部警告过哈萨克汗国，不要插手叶尔羌的事情，但是很显然，哈萨克并没有把大明放在眼中。