戚金在之前就已经收到了朱载坖的密旨，在这次攻灭叶尔羌汗国的战事中，尽可能的对于原来叶尔羌汗国的宗教与统治阶层予以彻底消灭，以绝后患，同时展示大明的武力，震慑这些叶尔羌人，所以官军在攻陷叶尔羌城市之后，对于叶尔羌的统治阶级予以了残酷打击，同时奉朱载坖上谕，对于新疆回教的所有建筑，予以摧毁，官军士卒们自然是在其中捞的不少，这些叶尔羌人的统治阶层，聚敛了大量的财富，这些都成为了官军士卒们的战利品。
而在北路，征西大将军李成梁正在统帅大军，监督卫拉特四部北上，按照大明和卫拉特四部所达成的协议，卫拉特四部要迁徙到额尔齐斯河流域住牧，同时朝廷委任和硕特部为卫拉特四部之首，给予敕书，准允他们和大明互市，同时在科布多选定地址，修建科布多城和相应的卫所，再次屯垦，作为大明在额尔齐斯河流域的重要据点。
而南路的董一元这是率军横扫和田、于田等地，控制叶尔羌和乌斯藏的边界，这样一来，大明从四川、青海、甘肃、新疆四个方向对乌斯藏构成了包夹之势，使得乌斯藏的统治者们也极为担忧，他们赶紧遣使大明，重申自己心向大明，不敢背叛之意，同时也是查探大明对于乌斯藏的态度，大明最近在西部的大规模用兵，确实使得乌斯藏的地方势力极为担忧，他们害怕大明对他们用兵，所以赶紧派遣使臣，再次朝贡大明。
乌斯藏各势力的使臣抵达京师之后，朱载坖命令理藩总署加以接待，探明他们的来意，同时和内阁以及相关的部院商讨对于乌斯藏所采取的措施，大明对于乌斯藏，之前实行的是间接统治，也就是对于这些乌斯藏的头人、活佛法王等加以招抚，授予官职的形式予以统治。
礼部尚书陈经邦总结道：“陛下，法王称为游僧，不常厥居﹔地方王各有封邑，互不统属。咸受命于朝廷。朝廷又设立置驿站，通道往来，以厚赐贡使﹑任官封爵﹑茶马互市﹑利益边民，以安其地，以马为科差，以茶为酬价，使之远夷为臣民，不敢背叛。如不得茶，则病且死，以是羁縻之，实贤于数万甲兵，此制西番以控北夷之上策也。”
乌斯藏各部对于大明一向还是比较恭顺的，主要的原因还是内部斗争不断，使得乌斯藏不敢对大明不恭顺，从太祖以来，对于乌斯藏的政策就是很稳定的，也就是所谓的多封众建，因俗以治，这是两个主要的手段，，两者构成表里关系：前者为政策措施支撑，后者为政情民俗基础。
所谓的多封众建，就是欲分其势而杀其力，在乌斯藏，对于他们国内的大小僧俗势力，都予以承认，太祖皇帝还下诏称：“朕自布衣开创鸿业，荷天地眷佑，将士宣劳，不数年间，削平群雄，混一海宇。惟尔西番朵甘、乌思藏各族部属，闻我声教，委身纳款，已尝颁赏授职，建立武卫，俾安军民。尔使者还言，各官公勤乃职，军民乐业，朕甚嘉焉。尚虑彼方地广民稠，不立重镇治之，何以宣布恩威。兹命立西安行都指挥使司于河州。其朵甘、乌思藏亦升为行都指挥使司，颁授银印，仍赐各官衣物。呜呼！劝赏者，国家之大法；报效者，臣子所当为。宜体朕心，益遵纪律。”
就是通过大规模的册封这些乌斯藏的地方势力，使得他们大小相制，不能够威胁大明，而所谓的因俗而治，就是利用藏传佛教在藏族地区的深远影响，大力封授各派宗教首领和人士，推行僧纲制度，通过宗教加强大明对广大藏区的影响。当时藏传佛教在乌斯藏派系颇多，除控制卫藏地方政权的帕竹噶举派以外，尚有势力遍及川、康、卫藏的噶玛噶举派，以及势力仍强的萨迦派和后来居上的格鲁派等。
大明对于这些宗教势力都予以册封，以多封众建和因俗而治互为表里，即“多封众建”为表，则“因俗以治”作为其政情民俗的基础和政策理念为里；若“因俗以治”为表，则“多封众建”作为其政策措施的支撑为里。这套政策从大明初年一直使用到现在，效果还是不错的。
但是到了现在，确实是需要予以调整了，主要就是乌斯藏和大明的情况都发生了一些变化，首先就是乌斯藏的变化，帕木竹巴政权的衰落和藏巴汗的崛起，改变了乌斯藏的政治格局，原本对于大明来说，帕木竹巴政权是乌斯藏最强大的一股政治势力，朝廷只要能够控制住帕木竹巴，再控制住各个活佛、法王等，就足以将乌斯藏安定下来了。
但是从嘉靖末年以来，藏巴汗政权崛起，帕木竹巴政权相对衰落，并将四周的各个小国予以占领。在宗教信仰上，彭措南嘉崇信藏传佛教中的噶举派，曾经两次因为宗教纠纷而出兵攻打不丹，给噶举四大支中的噶玛巴封上“卫藏之主”的印信，但却仇视新兴的格鲁派。这就使得乌斯藏的问题更加麻烦了。
在政治斗争中还有宗教信仰的问题，格鲁派作为新兴的派系，这些年以来在乌斯藏发展的很快，但是藏巴汗却极为仇视格鲁派，格鲁派自然是要还以颜色的，原本格鲁派是希望通过引蒙古人进入乌斯藏对于藏巴汗政权予以打击，但是朱载坖严厉禁止蒙藏合流，甚至出兵青海，将海虏赶出了青海，切断了蒙古和乌斯藏的联系，格鲁派又转而请求大明干涉藏巴汗，希望大明能够制止藏巴汗对于格鲁派的打击。
这就使得大明极为头疼了，一方面大明一向是不主动干涉乌斯藏的内部事务的，另一方面格鲁派现在确实是大明经略蒙古的重大助力，和大明朝廷合作也很融洽，不帮容易影响大明对于蒙古的经略。