除了这些之外，还有就是直接招募百姓为卫所士卒，发给路费、行粮和土地，将他们编入卫所之中在新疆屯垦，根据军机处的规划，要在西域设置四十到六十个卫所，才能够保证朝廷对于西域的绝对控制，当然除此之外，此次的征西大军中，也要动员这些士卒们就地退伍，回到卫所，给予其更多的土地和官职赏赐，鼓励他们留在新疆，成为这些卫所的军事骨干，也是极为重要的。
不过虽然要设立这么多卫所，但是也不必一次就全部设立，朝廷可以逐次增加，加强对于新疆的控制。除了兵防之外，行政体系的建设也是极为重要的，尽管西域人口不多，但是对于朝廷来说，西域的地位重要，同时有大量的资源，地域也极为广大，所以朝廷也必须重视此事。
而对于朝廷来说，西域最让人头疼的也就是这些地域广大的，因为整个西域的面积远远超过内地各省，甚至内地两省都不及西域一省的面积广大，在这种情况下，朝廷怎么有效的官吏新疆，这是一个重要的问题，现在朝廷将总督的驻地定在了轮台，主要的考量是方便控制整个天山南北，进而控制整个新疆，但是广阔的沿边地区，仅仅依靠个府州县来控制显然也是不行的。
所以吏部和内阁提出了自己的方案，将整个新疆分为三个部分，第一个部分自然是北路的伊犁、阿勒泰等地，作为新疆以北制南的关键，同时承担防范卫拉特四部的重要职能，对于北路自然是要极为重视的，所以要配置巡抚一员，驻节伊犁，同时兼管科布多大臣，负责处理卫拉特四部和北路的边防事宜以天山为界，以北尽属北路巡抚管辖，同时设立镇守总兵官一员，负责北路的卫所、屯田和边防等事宜。
其次就是南路，南路的情况最为复杂，因为新疆南路的人口多，城市也比较密集，同时这里的伊斯兰化也是很深的，在这种情况之下，朝廷必须要在这里派遣巡抚一员，负责轮台以西，天山以南的新疆南路管辖，同时配置镇守总兵官一员，巡检副将一员，不仅仅要配置常备官军、卫所官军，还有大量的配置巡检官军，加强对于此处的控制，严厉打击邪教，同时发展南路的商贸，虽然不能再次重现丝绸之路的辉煌，但是和周边各汗国通商也是极为重要的。
最后就是东路，主要是交河、哈密等地，这些地方已经被大明控制的比较稳定了，同时这些地方也是沟通新疆和内地的重要交通要道，这也是非常之重要的，所以要单独设立一个巡抚，主要管理，虽然这些除了卫所官军之外驻守的常备官军不多，但是由于控制了新疆和内地的交通要道，是朝廷调遣援兵、调发物资的重要通道，对于朝廷来说自然是极为重要的地方。
而且哈密是新疆的东大门，是新疆连接内地的交通要道，自古就是丝绸之路上的重镇，素有“西域襟喉”、“中华拱卫”、“新疆门户”之称。交河之地绿洲纵横，自汉代至本朝一直是天山东路的精华所在。所以要单独设立巡抚，加以控制，这样就形成了南北两路为前锋，东路为后劲的配置。
朝廷既要在新疆沿边和人口众多的地方屯驻卫所和重兵，以控制当地，同时在东路也要配置官军，设立巡抚，同时加强守备，东路巡抚也是朝廷制衡南北两路的重要手段，因为东路巡抚的辖区其实和总督辖区是很近的，总督直属官军和提督军务总兵官的机动官军也大多配置在东路，作为随时支援南北两路和控制出入新疆的交通要道的手段。
至于新疆具体的府州县，要等到朝廷彻底安定了新疆之后，听取新疆当地官员，了解人口、耕地等实际情况之后，再做决定，除此之外，朱载坖命令司农院组织官吏和农学方面的人才，赴新疆实地查探，哪些地方适宜屯垦，哪些地方适宜成为官军战马的马场等，都要予以详细的规划，这些规划就是官军配置卫所，开展屯垦的重要依据，所以是马虎不得的。
除此之外，对于新疆的矿产等也要予以勘探，为朝廷开发提供相应的依据，而在确定了这些问题之后，朱载坖再次回到老问题上来了，朱载坖问道：“新疆回教，如何处理？”
朱载坖早就密令戚金、董一元、李成梁官军大将，对于叶尔羌汗国的这些宗教上层，除恶务尽，不得残留，这些宗教上层，不仅在当地聚敛了大量的财富，而且极为极端，对于朝廷对新疆的统治，是一个极大的干扰，新疆本地的回教，和大明内地的回教，完全是两个概念。
大明内地的回教，相对汉化的比较彻底，也相对乖觉，他们提出了以儒诠经，也就是所谓的“以东土之汉文，展天房之奥义”，用中国语言和儒家文化来阐释伊斯兰教思想，用中国传统哲学的无极、太极、阴阳、理气、性命、五行、体用等范畴，阐发伊斯兰教的宇宙观，用中国传统“仁”“义”“礼”“智”“信”，解释伊斯兰教的“念”“礼”“斋”“课”“朝”等，在学理上促进伊儒的交融会通。
大明内地的这些回教，受儒家的影响是很深的，这些回教的学者提出：“人生在世有三大正事，乃顺主也，顺君也，顺亲也。凡违兹三者，则不忠、不义、不孝矣。一时不心于君，即为不贤，一时不合于君，即为不忠。”
但是新疆的这些回教上层，善于把持权力，挑动斗争，同时和其他地方的回教头目也有勾连，甚至煽动教派战争，这点是朱载坖绝对不能容忍的。所以对于这些宗教上层头目，朱载坖的态度是很明确的，就是请他们去见真主。可以向真主投诉朱载坖，托梦也行。