太子领命之后，自然是和内阁商量此事的，现在各个部院甚至是地方官府也都纷纷向朝廷请求追加拨款，朝廷自然是不可能对于他们的所有要求都予以满足的，这点大家都是很清楚的，朝廷的钱粮是有限的，所以哪些钱要给，哪些钱少给，哪些钱不能给，这就是内阁的职能了。
朱载坖将此事交给了太子，由太子领导内阁，太子自然是要召集内阁辅臣们商量此事了，对于各个部院衙门的上疏，内阁肯定是充分的讨论的，哪些部院的钱是要给的，这些都是内阁要商量的事情，太子询问道：“元辅和诸位先生们可有成算？”
对于太子的这个问题，申时行还是有些答案的，申时行说道：“殿下，臣以为此事当内阁诸位一道商量，然后付之公论可也。”
申时行提议内阁各位辅臣按照自己所分管的相应衙门，逐一进行讨论，对于这点，也得到了其他的内阁辅臣们的赞同，现在争议比较大的就是工部的相关追加预算案，一来就是工部所追加的预算规模十分之庞大，总数近六千万，即便是分十年投入，每年的投入也达到了六百万之巨，同时工部所拟定的一系列发展交通，扩建国营工场的相关计划，规模确实是十分之庞大的。
都察院和户部对此反对意见还是比较大的，首先就是工部所拟定的这些改善交通的计划，主要包括三个方面，第一是桥梁等基础设施的建设，第二就是直道的继续延伸，第三就是铁路的修建，规模都十分的浩大，其中耗资最大的就是各种桥梁的营建，除了应天府的长江大桥之外，还有兰州府的黄河桥，也是极为重要的工程，耗资也绝对不小，这些桥梁的建设周期很长，都察院认为耗资太大。
但是工部认为，只有打通这些关键的节点，才能够使得朝廷的直道真正的发挥作用，同时为了保证这些桥梁的顺利修建，朝廷还要大规模的扩建各种工场，主要就是钢铁工业，还有就是从民间大量的采购水泥等物资，这些也遭到了都察院和户部的反对，他们认为朝廷有自己的工场，为什么不扩建工场，加大对于水泥等其他建材的生产，而是要从民间采购。
对于这点，工部援引的是朱载坖的鼓励工商诏书，对于朝廷不禁榷的物资，朱载坖一向是鼓励从民间采购的，这丫那个可以促进地方经济的发展，同时使得朝廷赋税等也得以增加，所以工部认为，除了朝廷所禁榷的钢材之外，其余的物料都向民间采购，由商人运输，朝廷的水泥工场主要是承担两个职能，第一就是科研，在格物院和文思院的指导之下，研发各种不同用途的水泥，第二就是生产民间所不能生产的水泥，至于普通的建材水泥，则是早就放开民间经营了，朝廷可以直接从民间采购。
对于这点，内阁其实是支持的，但是对于工部所提交的各种基础设施的兴建计划，内阁认为还是有商榷的空间的，这些道路、水利、运河等基础设施，不可能同时开工的，所以内阁行文要求工部和交通总署，要求他们详细的提交方案，对于所有的工程进行评估，从优先等级，开工顺序等问题上详细的列出各年度所需要的资金数目，以备内阁和都察院等衙门监察考成。
而对于兵部和军器监也是如此，现在要为官军更新装备，也不是立即就要将资金予以拨付了，兵部和军器监必须要向朝廷说清楚，工厂的更新和扩建要多长时间，扩建所需的经费也要详细列支，在扩建之后各种火器的生产能力，官军的换装计划等，都必须要给内阁说清楚。
解决了工部和兵部的问题，剩余衙门的问题就相对比较好弄了，首先是吏部提出的增加官吏薪饷的方案，内阁认为现在时机不成熟，容后再议，先上呈朱载坖，请求御批，礼部要求更新四夷馆等地方的建筑，为朝廷外交创造更好的条件，内阁认为这是可行的，毕竟所费钱粮不多，又是涉及到大明的国体，所以是要予以批准的。
这点也得到了太子的认同，而学部的上疏，内阁认为兴办教育，尤其是在这些落后地区兴办教育，确实是十分重要的事情，但是对于朝廷来说，也不能够完全有朝廷来支付这个费用，所以内阁行文相关的地方督抚，本省财政能够支应多少，朝廷补足剩余的，同时就是一些实物的调配，这些地方的教育落后，缺乏书籍也是重要的原因，朝廷要采购大量的书籍，支持相关地方的图书馆以及学校的建设，这部分的钱由学部和户部直接在京召商承办即可。
而刑部所要求的两项钱粮，第一就是监狱的建设，内阁认为现在浙直、京师等处由于案件频发，确实是人满为患，大量的罪犯就羁押在顺天府也不是办法，所以确实是应该予以建设单独的监狱加以关押，但是主要是西北、东北和缅甸、安南等处，将这些罪犯发配过去，充实边疆，同时加强开荒。
至于巡检官军的武器装备问题，这点被内阁予以驳回了，内阁认为，单独为巡检官军采购武器显然是对朝廷财政的浪费，而且巡检官军所应对的情况没有那么恶劣，现在朝廷正在转产新型步枪，肯定是优先要满足常备官军的装备，而巡检官军，等到常备官军换装之后，将常备官军所更换下来的武器加以维修之后，将其中堪用的拨给巡检官军即可，不必另行采购。
对于邮驿总署的申请，内阁也认为应该部分予以满足，修缮急递铺、驿站，增加邮驿总署的马匹等牲畜数量，确实有助于朝廷更快的传递信息，但是邮驿总署也必须拿出相应的方案来，朝廷给了钱和牲畜，必须看到信息传递的提升，这点是极为重要的。