元和八年，李纯在对外用兵的同时，还在关注唐朝内部的发展。近年来，经过朝廷的持续推动，唐朝境内的工商业日趋兴旺，冶铁业、纺织业、建筑业、零售业蓬勃发展，夏原新都在有条不紊的建设，长安到洛阳的铁路也在推进，国家呈现出兴旺发达的景象。
社会经济发展的同时，士林百姓的思想也在改变，以前被人视为奇技淫巧的科学技术，极大的改变了百姓的生活，生产出的火器威力惊人，在对外征讨中发挥了巨大作用，让人们对科技有了更加积极的认识，纷纷投身于技术革新当中，民间兴起了学习科学知识的热潮。
很多人通过从事工商业赚了大钱，生活富足，商品变得更加丰富，蒸汽机开始被应用到其他生产领域，替代了不少人力。
通过朝廷的鼓励和现实证明，百姓们认为，经商办实业大有可为，很多农民觉得进城务工比种地赚得多，纷纷进城寻找机会。
正在前方军事活动和其他事业都顺利发展的时候，传来裴垍去世的消息，让李纯倍感伤心，为了表彰裴垍的功绩，李纯追封裴垍为太子太傅，赐其儿子裴鍠门荫入仕。
处理完裴垍的丧事后，就进入了元和8年5月，李纯的心情还有些低落，突然元稹送来一个奏折，说是扶桑派来一批遣唐使，要来大唐学习先进的技术和文化。
看到这个奏折，李纯想起历史中记载，扶桑在盛唐时期多次派遣唐使，来唐朝学习先进技术和文化。那时候的唐朝主政者志得意满，轻易就答应了扶桑国的请求，先后接待了大量的遣唐使，毫无保留的把自己最好的东西教给别人。
李纯想起此事，就对当时的主政者就非常痛恨，自己有点好东西恨不得连家底都交给人家，还声称是什么大国风范，传播华夏文化。
老祖宗好不容易积攒点东西，这些人崽卖爷田心不痛，全部拿去资敌，后面扶桑国强大了，就掉头打华夏，当时的主政者就是糊涂蛋！
自安史之乱后，扶桑人看到没什么好学的了，就逐步减少了遣唐使的数量，以至于后面中断。扶桑这个民族，学到了大唐的精华后，回去励精图治，后面发展很快，到了唐朝中后期，很多方面就都追上来了。
自元和五年后，唐朝再次出现复兴，不仅削平了藩镇，而且在经济、科技、文化又有了新的发展。特别是军事工业突然兴起，甚至还搞出了火车，**改革、教育改革也在不断推进，取得了很大的成效。
这个时候，扶桑人看到唐朝又有新东西可学，又派出遣唐使，想过来偷师学艺，把华夏的好东西挖回去。李纯本想把他们赶回去，但是想着既然来了，就见见，看他们能玩出什么花样。
次日，李纯在宣政殿召见扶桑派来的遣唐使。由元稹领着，两个扶桑人跟着，一起进宫拜见李纯。
几个人叩头起来后，李纯认真打量了一下他们，只见两个人都在四十岁左右，前额剃发，留着小胡子，典型的扶桑人打扮，看着就有点不爽。
李纯正看着，其中一个扶桑人开口了，此人的汉语说的很好，他恭敬地说道：“伟大的皇帝陛下，敝人安倍晋六，是扶桑国派来的遣唐使，受我国**藤原义孝的委托，来到大唐学习先进的技术文化，恳请皇帝陛下答应。”
另一个扶桑人也开口说话了：“皇帝陛下，敝人麻生二郎，是此次的副使，我们扶桑人非常仰慕大唐的文化，我们真诚的向你们学习，希望唐朝人可以好好教我们。”
李纯心里涌出几十个草泥马，这两个倭人装的真像，摆出一副谦虚爱学的样子，把偷学东西搞得那么文雅，真令人作呕。
李纯毕竟是皇帝，也不好爆粗口，就调侃地说道：“你们想学文化？可以呀，没问题，元稹就是一个诗歌高手，朕让他专门抽出一段时间，教你们写诗，你们意下如何？”
安倍晋六赶忙说道：“我们在开元年间就已经学会写诗了，这次我们想学点技术，我们久仰唐朝的军事技术发达，非常顺利的击败了吐蕃，希望大唐也能教教我们。”
李纯真想拿个东西砸过去！小鬼子还想学军事技术，学完再掉头打唐朝？真是厚颜无耻！
李纯不紧不慢地说：“学习东西吧，总要有个礼尚往来，你们不能说学就学，总要有东西给我国吧。”
安倍晋六说：“我们这次来是非常真诚的，为了表示诚意，我们的**专门让人选了三个最漂亮的扶桑女子，愿意献给皇帝陛下，作为见面礼。”
李纯想，什么乱七八糟的，大唐缺女人？扶桑的娘们更香？如果为了几个扶桑女人就把唐朝的军事技术拱手让人，自己不就成了千古罪人？
李纯假装无奈的说：“可惜朕不爱女色，即位至今才纳了一个妃子，这三个扶桑美女，还是留给你们的**做妃子吧。”
安倍晋六有点着急了：“皇帝陛下，如果你们有其他要求，只要是我们能做到的，都会尽力做到，我们愿意出钱。”
李纯想到，按照计划明年就要打扶桑，就说道：“子曰：有朋名自远方来，不亦乐乎。怎能要你们的钱呢，与其你们来学，不如我们派人去教，最迟明年下半年，我们一定会派人去教你们。”
安倍晋六和麻生二郎面面相觑，也不知道李纯说的真假，安倍晋六只得说：“不必如此麻烦大唐，我们既然来了，还是由我们来学习吧，我们不会忘记大唐的恩情的。”
李纯想，朕对你们可没啥恩情，到时候不要恨朕就行了，然后就说道：“军事技术这个东西，不能光学习，更重要的是要切身体会，只有切身体会到了他的厉害，才能融会贯通。”
两人听出了李纯话中暗含的杀机，不禁紧张起来，安倍晋六赶忙说道：“我们扶桑人是唐朝人的朋友，不是敌人，几百年来一直世代友好，还请皇帝陛下珍惜这段友谊。”
嘿！还在灌**汤，真是不到黄河心不死，不见棺材不落泪。李纯继续说道：
“对，唐朝和扶桑确实是好朋友，朕还要邀请你们的**藤原义孝来长安做客，以后就住在长安不走了，朕保管给他吃香的喝辣的，好好招呼他。”
两个人快被李纯绕晕了，安倍晋六还不死心，最后说道：“皇帝陛下太会说笑了，我们两个来一次唐朝不容易，想走一走，看一看，领略大唐的强盛，还请陛下答应。”
走啥，看啥，还想着偷学东西呢？李纯当即说道：
“元爱卿，两个扶桑使者的这个要求还是要答应的，那三个扶桑美女朕就不要了，但是也要让他们领略一下唐朝美女的韵味，给你三天的时间，带他们到长安六大胡同走一走，看一看，还可以现场体会、亲密接触。时间一到，立即送客，礼送出境！”
两个扶桑遣唐使傻眼了，要是他们来唐朝三天专门泡妞，回去被**知道后，还不杀头呀。他们看再继续磨下去，只会越来越难受，只得泱泱而退。
送走两个扶桑遣唐使之后，李纯交代元稹，以后不要再领这种心怀不轨的外国人过来，要严密监督管控在唐朝的外国人，绝对不能让他们接触到唐朝的重要技术。
打发走两个扶桑二货之后，李纯抽出时间对当时唐朝的发展情况进行认真的梳理分析，认为国家在不断的发展进步，但是第一次机构改革的不彻底，有些机构的职能跟当前的形势不匹配，没能起到很好的促进作用，亟需进行第二次机构改革。
以前局部的教育改革，存在一定的妥协性，社会的发展证明了科技和经济的重要性，人民对这两个方面的接受度有了很大的提高，经济的发展也需要一批具有新知识新技能的人才，必须要进行更加全面的教育改革。
李纯经过思考，决定先进行机构改革，争取一次改革到位，不再保留任何闲散机构，在机构改革中组建教育部，而后由教育部负责开展教育领域的大改革。
首先，礼部既要管重大活动，又要管教育，造成主业不清，同时太常寺也分管一些礼仪活动，与礼部的职能造成交叉，可以把礼部教育的职能剥离出来，单独成立教育部，负责全国教育事业的发展，把太常寺全部人员和职能并入原来的礼部，负责所有的礼仪活动。
国子监的职能不变，为朝廷培养和选拔人才的地方，新考入的进士都要在这里进行为期一年的行政、科学、经济、法律等方面知识和能力的培养。
其次，司农寺所管的农业和都水监所管的水利密切相关，两个小部门可以合并成为一个大部，称为农水部，既减少了一个部门，又可以有利于农业和水利的协调推进。
户部的职能
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相对太多，应该分成两个部门，一个是财税部，专门负责财政管理和收取赋税，集中精力管好国家财务；一个是民政部，集中负责户口、婚丧、宗教、民族事关百姓的各类基础事务，特别是处理好新征服地区少数民族的融入问题。
工部的职能也要进行分解，成立建设部，专门负责国家大项工程的建设，对民间的各类工程、房屋建设进行管理；成立交通部，负责道路建设、修建铁路，水运、海运也要管起来；将科工部的建筑司抽出来给建设部，把交通司抽出来给交通部。
对科工部剩余的机构进行重组，在科技司的基础上组建科学司、技术司，其中科学司加挂科学院的牌子，负责科学知识的推广，搜集一些科学理论和技术专家加入科学院，技术司则重点负责每年科学大会的筹办，推广重要的使用的技术。新的科工部包含火器司、战船司、科学司、技术司，集中精力负责军事工业和科技发明的推广。
大理寺、刑部、御史台也要进行重整，大理寺改为审判院，专门负责重要案件的审理判定；刑部改为司法部，专门负责社会治安和各类法律的制定；御史台改为监察院，专门负责对公职人员的监督、调查和公诉。
吏部改为人事部，不再局限于管理官吏，对其他公职人员都要管理，对全国的官员和公职人员进行总量控制，防止财政供养人员过多、过滥。
太仆寺负责马政主要和兵部征用战马有关，主要职能并入兵部，在兵部成立军马司，关于民间养马和养畜的职能并入农水部。卫尉寺作为京师卫戍区实际上就是一支保卫功能的部队，可改为卫尉军。
李纯考虑成熟以后，就和李吉甫、武元衡等朝臣商议自己的改革方案，李吉甫等人感觉这又是一个大动作，对行政机构改革的力度非常大。
朝臣们觉得，这次行政机构改革，新组建了好几个部门，增加了很多确实需要的职能，自然也增加了官位，自然赞成。
李纯即位以来，所做的很多事情刚开始大家看不懂，但是后来都逐步发挥了巨大效果，藩镇问题解决了，国力富强了，对外战争连续获胜，大家对李纯的眼光和能力有了客观的认识，所以这次机构改革获得绝大多数人的同意，一致通过。
经过改革，名义上归尚书省管辖的部变成了13个，分别为：礼事部、教育部、人事部、军事部、科工部、农水部、财税部、民政部、工商部、外事部、建设部、交通部、司法部。
审判院、监察院单独设置，主官为为正三品的正使，两院相当于正部级单位，直接对皇帝负责，保证办案不受干扰。
卫尉军、国子监均为正四品副部级单位，卫尉军主管京师卫戍，比较重要，直接对皇帝负责；国子监主要负责人才的培养，与教育密切相关，可由教育部代管。
原来隶属于太常寺的钦天监，相当于一个正五品的司级单位，主管天文、历法事务，也涉及到气象、地震等事务，可以划归新的礼事部管理。
中书省不直接管辖各部门，但实际上为朝廷政务的核心机构，左右丞带三个光禄大夫，负责朝廷日常事务的处理，向皇帝提出建议，并按照皇帝的意见下达各类政令。把翰林院作为中书省的辅助办公机构，设为正四品副部级单位，相当于中书省的办公厅。
门下省作为对中书省监督单位，对于其政令进行审查，对于其不合适的部分提出意见，对于朝廷的施政方针也可以单独提出意见，相当于朝廷顾问的角色。
枢密院作为皇帝的私人办公机构，为正三品正部级单位，设置秘书司（文案和值班）、宗正司（管理宗室）、察访司（调查私访）、廷卫司（御林军）、太府司（皇家后勤），枢密院专门处理与皇帝、宗室密切相关的事务，避免与朝廷事务搅在一起。
内侍监单纯作为皇宫内部的管理机构，为正四品副部级单位，只负责宫廷内的各项事务，宫外的事务一律不得干预，杜绝宦官干政的机会。
经过这次改革，行政机构有增有减，原来一些务虚清闲的部门基本都被撤并掉了，新增了很多国家建设需要的部门，虽然总的部门数量有所增加，但是都是国家发展需要的部门，改革后各部门的职能更加清晰，不会再互相干扰内耗。