忙完关于征税和修路的事务，李纯又开始考虑关于机构改革的事情。李纯认为，以前设置的六部和九寺五监等部门非常不合理，已经不适合现在的工作需要，有必要进行改革。
李纯高度重视工商业，目前户部主管户口和财税，跟商业沾边，工部主管工程营造，屯田水利，跟工业沾边，但是两边管的都不多，造成空档，需要组建一个独立的工商部，促进工商业的发展。
李纯觉得，还需要成立一个新的部门，主管发明制造新东西、新机器，把几个重要的事情干起来，比如修铁路、修大桥，造兵船、造枪炮，可以组建科工部，负责科技和军工事业。
对外工作也是李纯非常重视的事项，目前鸿胪寺的工作太简单，没有发挥到应有的职责，简直就是一个使臣接待处，必须进行重组，除了管使臣之外，还要把情报搜集和对外贸易管起来。
教育也是李纯想重点推进的事业，目前礼部管着礼仪活动和教育，但是礼部只管科举部分，对促进教育做的不多，需要成立一个专门的教育部，全面提高唐朝百姓的教育水平。
李纯认为，六部还算发挥较大的作用，所谓的九寺五监，吃闲饭的太多，比如鸿胪寺、光禄寺、少府监之类，李纯都觉得没啥存在的必要。该有的部门没有设，不该有的部门存在着，有必要重新整合，
突然，李纯想起回到长安以后，交代给艾笛声关于蒸汽机的事情，还不知道结果如何，当即让人把艾笛声召进宫里。
艾笛声进宫行完礼后，李纯直接问道：“你最近在做什么，蒸汽机的事情进展的怎么样？”
艾笛声答道：“微臣一直在思考怎么改进陛下的那个蒸汽机，想着还能用它干其他什么活？”
李纯道：“朕让你做的那个蒸汽机舂米肯定亏了，那个蒸汽机，气密性也不好，动力不够大。你的那个织布机不错，可以让人仿制，然后卖给织工用。后面你要集中力量把蒸汽机搞得更大、更好用，朕想用它来拉大车，拉的人多，跑的快。”
艾笛声说：“陛下这个主意好，它可以吹动叶轮，就可以再连上轮子，完全可以拉动大车，只是目前的道路都是土路，怕是不好走。”
李纯纠正道：“要修铁路，就是在路上铺上铁做的轨道，这样才能走大车，蒸汽机要烧火，大车就叫火车。”
艾笛声说：“又是火车，又是铁路，微臣觉得这事大有前途，臣愿意帮着陛下研究。”
李纯对他的态度非常满意，说道：“朕思来想去，决定成立一个科工部，主管兵器和机器制造，专门用来设计制造一些重要的物件，比如火器、火车、混凝土之类的东西。”
艾笛声问：“陛下，混凝土又是什么东西？”
李纯道：“现在的道路都是土路，一下雨就是泥泞，混凝土不怕雨，遇到水还是硬的，行车走人很方便，用来修桥建房也很好，是重要的建筑材料。”
艾笛声说：“陛下的想法可真多，都要一起干吗”
李纯道：“朕的想法比这多多了，只是这几个比较重要，要先搞。新成立的科工部，专门负责军队需要的兵器、火器和民用重要的物件制造，朕打算把你调过去，集中精力搞那个蒸汽机火车和铁路事宜，再找一个对建筑材料有研究的，去负责混凝土的事。”
艾笛声说：“微臣一直喜欢研究物件，能给朝廷作出贡献，是微臣的夙愿，微臣愿意过去。微臣知道工部司的员外郎潘兴法，懂烧制砖瓦、石灰的技术，也喜欢研究建筑，斗胆建议让他来做研究混凝土的事。”
李纯道：“这样吧，可以在科工部成立交通司，由你做郎中，成立建筑司，可以由潘兴法任郎中，朕后面和几个大臣商议一下，过几天就定下来。”
艾笛声跪下拜道：“微臣代潘兴法，叩谢陛下圣恩。”
两日后，经过考虑一番，李纯觉得必须要推进机构改革的事，在宣政殿召集李吉甫、裴垍、李藩、李巽、权德舆、程异、范希朝等大臣议事。
李纯道：“近日来，朕考虑了很多事要做，但是目前设置的部门不合理，有的部门，比如工部、兵部、户部忙的不可开交，有的部门没事干，什么光禄寺就为了保障朕吃饭，朕吃饭很简单，宫里做就足够了。搞个将作监就是为了给皇家制作一些稀奇玩意，朕不需要，鸿胪寺就是接待几个使臣，太浪费了。朕准备搞一次大动作，把各部重新设立一下，各位爱卿有什么意见？”
李吉甫首先发言：“六部九寺五监一台的设置，是从隋朝就开始设定的，我大唐沿用至今，六部会忙一些，其他有的部门确实不太忙，有的也是为了安置一些老臣。”
李纯道：“现在朝廷要干的事太多，以前的部门设置维持不下去了，需要合并重组，朕也不想砸人的饭碗，但是重要的位置要腾出来。”
裴垍说：“不知陛下打算如何调整？”
李纯道：“朕上前面让兵部搞了一个制作火器的工场，以后朕要大规模推广火器，上次搞了一次发明大会，还有很多重要的东西需要制作出来，朕打算成立一个科工部，统一制造重要的火器、战船、机器等东西，朝廷需要什么东西，朕有什么想法，就直接由科工部来承办。朕的打算是把军器监和匠作监合并，建立新的科工部。”
李吉甫说：“这个想法很好，不知陛下有没有想好人选？”
李纯道：“这个部很重要，别人去朕也不放心，就由李绛来做尚书，范希朝会打仗，前面也立了大功，朕计划改兵部为军事部，升范希朝为军事部尚书。
科工部这边，军器监和将作监正监分任科工部左右侍郎，科工部设四个司，一是火器司，由郭云任郎中，以后全权负责军队的火器制作，要制作一批威力更强的火器。二是战船司，主要制造军队用的战船，平东军、平海军、平南军，以后都是用来水战、登陆的部队，还没有像样的战船，战船司先负责监造一批战船，配上火器，要有防御功能，机动性好，可由李绛从懂水战和造船的官员里挑一个人当郎中。
第三个是交通司，目前的主要任务就是造铁路和火车，由艾笛声任郎中，以后可以再拓展其他交通上的业务。第四个是建筑司，主要负责制作新式建筑材料，目前主要是研究水泥混凝土，以后可以用新材料搞建设，郎中由艾笛声推荐的潘兴法担任。”
听李纯一口气讲了那么多，大家都有点理解消化不了，不过大概意思基本了解，具体的职能只能待成立机构后再逐步沟通明确。
李吉甫说：“陛下这下可是大动作，以后要打大仗、干大事呀。”
李纯道：“国内是安定了，但是边疆的威胁还没消除，后面等条件允许了，朝廷肯定要大规模的对外用兵，第一个就要收拾吐蕃。李藩负责的修路事宜怎么样了？”
李藩答道：“长安到潼关一线拓宽平整了一下，现在冬季太冷，潼关往东部分要到明年春天再干。”
李纯道：“铁路和火车的制造没那么快，目前重点先抓好普通道路建设，修好长安到洛阳的路以后，再向东延长到汴州，再向东南延长到新都夏原，建设一条宽阔平整的大道，连接两京。这条路主要经过河南道，你跟新任河南道布政使王涯对接一下，让他全力搞好配合。”
李藩说：“臣定当不负陛下重托，争取早日修通长安到夏原的道路。”
李纯继续说：“说完科工部，朕还计划在鸿胪寺和光禄寺的基础上组建外事部，不要光搞迎来送往那一套，除了外事接待，还要派人到周边各国收集情报，策反对方的官员将领，测绘外国的地图，为我们对外用兵提供全面的依据，另外把对外贸易也全部管起来。”
裴垍说：“陛下又是一个大手笔，看来要用外事部全面负责对外的事务，不知人选怎么定？”
李纯道：“人选朕想好了，元稹这个人脑瓜聪明，适合干外事工作，就由他来干尚书，原来的鸿胪寺和光禄寺正卿，分任外事部左右侍郎。”
范希朝说：“刚才陛下说要对外用兵，并委以臣重任，臣感激涕零，不知陛下对军事工作有什么安排？”
李纯道：“以后经济和军事将是两个重点工作，一个富民，一个强兵，朕准备明年再休养一年，准备更充分一些，后年，也就是元和七年，开始对外用兵，以后火器和战船制造的事
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就交给科工部，军事部聚焦打仗，全面进行对外作战的各项筹划和准备。”
范希朝说：“臣谨遵圣意，臣推荐韩泰接任兵部侍郎一职，推荐田弘正接任平东军统领。”
李纯道：“这两个人朕都了解，还不错，准奏。李巽、程异，朕让你们过来，是想着要建立工商部的事。促进发展经济，民政和财税还由户部掌管，工商部担起促进全国工商业发展的重任。
户部仍由李巽任尚书，工商部就由程异任尚书，工商部就在太府寺和少府监的基础上组建，原太府寺正卿和少府监正监，分任工商部左右侍郎。
工商部设四个司，一是监管司，主要是维护市场秩序，对强卖强买或者制作、出售假货的情况进行打击，保护百姓的权益；二是商业司，想办法促进商业发展；三是工业司，想办法促进手工业、采矿业的发展；四是统计司，主要对经济运行的情况和各种相关数据进行统计。”
程异连忙拜谢李纯，并问道：“以后工商部和户部部的权限如何界定，人选如何配备？
李纯道：“以后工商部负责工商业的管理和促进，户部只管收税事项，至于工商部的人选，由你和两个侍郎先商议，中书省也可以留意合适人选。而且不仅朝廷设工商部，各道、州、县也要设立相应机构，把工商业的发展，作为考核地方政绩的重要方面。”
李巽说：“陛下这样区分也好，以后我们户部就主要管户口、税收和财政，新成立的工商部可以集中力量发展工商业。”
李纯说：“朕还想成立一个教育部，从礼部独立出来，专门负责教育事业”
权德舆说：“目前太常寺负责很多具体的礼仪事项，礼部可以重点负责教育方面的事，臣有信心办好教育，不必另外再成立教育部。”
李纯道：“既然你有信心搞好教育，朕就暂时不组建教育部，如果礼部抓的不好，朕后面还是要改一下。”
裴垍说：“如此大规模调整人员，有些官员会不会有反弹，臣建议先成立三个部，如果进展顺利再组建其他的部。”
李吉甫说：“陛下机构改革的设想很好，但是动作比较大，有些臣子未必理解，臣建议征询一下相关人员的意见。”
李纯想想也是，为了稳妥起见，先由中书省按照李纯的机构调整意见，找一些相关的大臣谈话，听取他们的想法，然后再结合意见情况进行适当修正。
不谈不知道，一谈吓一跳，没想到李纯新成立三部，撤销三寺三监的想法，遇到了巨大的阻力。
原来三寺三监的***，统统被改为三个部的副职，其他中层人员对新的岗位也很不满，对于一些舒服惯了的官员，骤然添加这么多新任务，也是态度消极。
军器监正监林文礼与匠作监正监肖时新，将被改为科工部侍郎，由正职改为副职，虽然原来的品级待遇没变，但是权力缩水了很多，本来就郁闷气恼，没想到一看中层人员的设置，更加生气了。
科工部四个司，火器司由郭云任郎中，交通司由艾笛声任郎中。建筑司由潘兴法任郎中，战船司郎中，李绛又打算让水军将领颜玮来做。
这就意味着四个司的郎中位置都定了，两个监原来的少监和其他中层干部没有了合适岗位，很多只能降级使用，军器监和匠作监的官员一个个义愤填膺，在两个正监的鼓动下，要找中书省**。
鸿胪寺和光禄寺的官员也是意见纷纷，两个正职降为副职不说，工作职能改的幅度也很大，鸿胪寺原来负责接待外邦使臣、光禄寺原来负责皇帝膳食，都是比较轻松舒服的单位。
突然要搞什么收集情报、测绘地图、管理贸易等其他工作，很多人完全不懂，一头懵逼，纷纷向中书省反映，新的工作干不了，请求调整适合自己的岗位。
太府寺和少府监也是议论纷纷，不仅降职使用，而且职能也改了很多，都要从头学起，有些老资格的官员完全没了学习动力，本打算混吃混喝到退休，突然来个大调整，很多人表示无法适应。
不得已，中书省只能找各寺监谈话，希望能够说服他们，但是很多官员的意见很大，也很尖锐。