夜晚，毛利侦探事务所。
柯南在台灯的灯光下翻阅着什么资料，镜头拉进，他看的是报纸，内容是“国中一年级的学生紫砂，原因是在校被欺负，欺负人的是同班A同学……”
一边看报纸，柯南一边想着，“John是只训练有素的狗，应该不会无缘无故攻击人啊……等一下，John是在听了电话之后才开始攻击被害者……对了！难道是坂口先生在电话里面给它指令？”
想到这里，柯南响起了坂口先生平常笑眯眯的样子，仍有疑问，“坂口先生人那么好，为什么会……”
转眼天亮了，目暮警官一早就来到了毛利侦探事务所内，柯南没等目暮警官喝完一杯水就着急的问John的下落，目暮警官表示，John被带到了警察局里面，它毕竟还没有被判刑，让柯南放心。柯南听完这番话明显松了一口气。
毛利小五郎看目暮警官喝完了水，也回答了柯南的问题，于是他也问目暮警官坂口先生怎么说。
目暮警官说，坂口先生也不相信John会随随便便的去攻击人，随即柯南就知道了John即将被“处理”……
柯南通过聊天在坂口先生的言行中发现了端倪，于是提醒毛利小五郎做了第一次实验，经典教育学实验“巴布洛夫的狗”实验开始了，无线电话中传来的铃声加上坂口先生的问候，这一次，John没有扑上去要人。
小兰为了John担心不已，晚上还在窗边，认为这时候只有新一能救John了……
就在John要被送去药物处理的当天，柯南在跟帝丹小学三人组一起上游泳课的时候，被老师吹的哨声提醒，终于知道第一次实验缺少了什么。
第二次实验开始了。
第一步，定位，无线电电话铃声想起，接线员接通电话并说出：“你好，请问那位？”
第二步，预备，时钟响起准点的铃声。噔~噔~噔~
第三部，坂口先生通过无线电话说出指令。这俩坂口先生还没说出指令就认罪了……还详细说明了犯罪原因：小刚先生，也就是前园刚，是将坂口先生的儿子正人校园霸凌到去世的罪魁祸首！坂口先生专为青少年处理犯罪案件，本来就心地善良的他，看到小刚先生跪在正人的灵堂上忏悔痛苦的模样，以为小刚先生收到良心的谴责，会重新做人，于是心软原谅了小刚先生。
跟着父母到外地读书的小刚先生考回了东京的学校，还租到了坂口家旁边的房子。一天，把John带出去玩的坂口先生看到小刚先生正在气氛一个男生，勒索钱物，他才明白小刚先生已经忘了正人，忘了以前的事情，也忘了他这个正人的父亲……
坂口先生明白了，小刚先生是完全不记得，自己逼死过一个人的事情，才会租房搬到坂口先生家附近。看到了小刚的无药可救，以及死不悔改，明白了以前的小刚是在惺惺作态，遂决定自己动手训练John报仇雪恨。
不得不说这里的犯罪动机是很说的过去的，就是日本关注校园霸凌的时间这么早的吗？小刚先生的行为是要受到惩罚，但这惩罚不应该由私人执行，这个道理他应该颇有名气的大律师不懂吗？看来还是仇恨太深以至于打破了坂口先生应有的底线。“如果法律不能制裁他，那就用正义制裁他！”话说的很好，就是不太合适……
后续是坂口先生被带走，John被一位坂口先生的亲戚收养……
打铁到小五郎同学会砂仁事件，记得这里好像有很多名场面来的。
开头就是小兰疑惑为什么小五郎的同学会不能带上她和柯南，明明五年前就带她过去了……
小五郎宁愿请她俩吃饭也不带她们去的原因有了——这段时间国内旅游比国外还贵，三个人费用太高……
正在小兰吐槽他抠门的时候，一个抢了什么东西的男人从他们身边跑过，小五郎听到这人抢劫就立马跟了上去，跟柯南两人配合，很快就在巷子里把抢匪制服了……这里好像是一个伏笔，抢劫犯的枪被柯南踢飞了，一个不知名的人，用什么东西把它包起来拿着了……
制服了抢劫犯的“名侦探小五郎”就在巷子口炫耀着自己的丰功伟绩，炫耀到一半想起了跟他打配合的柯南，问他的脚怎么会有那么大的力气……柯南用还怕犯人用枪打到小五郎的借口，一紧张就踢中了砖头来表明事情的合理性。
小兰是真的很想泡温泉了，之前就缠着小五郎让他带着她俩去，现在直接以柯南帮了大忙为由，申请两人的出游。
两人正争执着，出现了一位“由美”女士，和小五郎认识，是小五郎的同学，这时两人没说两句话，这位女士就走了。
这里的警察迟到于事故，把嫌犯拷上后终于想起来了手-枪，很不幸，已经迟了，gun早就不知道被谁拿走了……看这集标题，刚刚出现的由美女士就是一号嫌疑人了吧……
下一幕，小兰和柯南坐在已经开动的列车上面吃着什么东西，看样子是小兰得愿以偿，跟着小五郎去他的同学会所举办的地方泡温泉啦。
这俩吃东西的样子好可爱的，一吃一点头，还面带笑意，小兰还感叹外出旅行吃的火车便当好吃，小五郎则没吃东西，只是发牢骚，他的同学会带上俩小孩这让他很是郁闷。说着说着又说到了昨天那把枪，直到这一刻警方还是没找到枪，那可是把真枪！
温泉旅馆到了，那边小兰和柯南居然在同一个浴池里面，这边小五郎还在和同学们谈天说地，笑得很是开心……爱追忆往昔，是爱互相揭短，还被突然出现的小兰，知道了小五郎年轻时候的败绩……
下一幕就是名场面——柯南冒热烟，喷鼻血了……
接着就是柯南跟这群人打招呼，这群人一一介绍自己名字和身份了，原来这群人都是一个大学社团的！
咱就是这群人的感情纠葛也挺耐人寻味的……还有跟小五郎同社团的人应该年龄相差不大，这会说他要结婚了……要知道小兰都17了，果然人与人都是不一样的。