一天后
NERV总部地表
飞行器缓缓降落，机门打开，在等待的碇源堂和冬月耕造两人踏上放下来的阶梯。
他们这次行动是要前往俄罗斯伯大尼NERV分部基地。
其实碇源堂和SELLE的意念早就不合，双方彼此之间都在维持在一个微妙平衡点。
SEELE组织的计划是“人类补完计划”。其目的是利用莉莉丝的力量，让人类摆脱肉体的束缚，升华成为一种新的存在形式，以另一种形态继续存在。
SEELE认为人类存在着许多无法改变的问题，如战争等，而通过该计划，所有人类的灵魂将融合为一个整体，不再有孤独、不安等情感，也不再有个体之间的隔阂，以此实现人类的进化。
但碇源堂却在SELLE的计划基础上另外做出自己的计划。
和SELLE想要完成的目标背道而驰。
碇源堂的计划目的是自己成神并复活碇唯。
碇源堂深爱着碇唯，碇唯在初号机试验中消失后，他为了达成自己的目的，主动向SEELE的基尔议长提议，全力执行人类补完计划。他的计划是打败一切使徒，引发第三次冲击，开启人类补完。在这个过程中，他试图通过特定的方式进入只有灵魂共存的世界，找到碇唯。然后使用朗基努斯枪等手段“弑神”，让自己和碇唯一起成为神，从而实现永远在一起以及或许能带着碇唯回到过去生活的愿望。
可碇源堂万万没想到，碇唯从始至终都没有想和他见面。
在《新世纪福音战士：终》里，碇源堂进入负宇宙的假想空间里寻找碇唯的身影，却找来找去都是绫波零的复制体身影。
这让他很是绝望，但最后在碇源堂直面自己的儿子碇真嗣后，才恍然大悟。
碇唯一直就在自己身边，留给他的正是儿子。
现在碇源堂要做的就是和冬月耕造在伯大尼基地里做好应对后面突发准备。
冬月耕造在伯大尼基地里的所有研发项目全部完善落实。
四把钥匙和其他复制使徒的量产都要一套完整工业流水线制造。
其中一把钥匙现在还放在NERV总部那里，以总部现在的防御线一点都没法应对后面到来的使徒。
这是碇源堂计划的一部分，一把钥匙被拿走后，后面还是自己上门拿的。
只不过以初号机作为动力源的希望号，还是先暂时分离，太容易被得到反而太容易被察觉。
毕竟加持还在，以加持老辣眼光不难发现这其中的猫腻。
NERV总部司令办公室
渚薰穿着司令服，坐在碇源堂平时坐的位置上。
加持则是站在落地窗面前，看着外面破败不堪的战场。
渚薰背靠在椅子，微笑道：“接下来我们要做的事情很多了。”
加持：“从哪一步开始？”
渚薰：“等封印下面中央教条区域的时候。不过很不幸，它来了。”
话音刚落，正式应上渚薰的话。
滴滴滴——嗡！！！
整个NERV总部警铃大响
黄哲田推门进来，对两人说：“使徒又来了，我们该前往地下中央教条区域，外面的联合国防御线根本抵挡不了！”
渚薰紧急起身道：“不好，我的Mark.06机体还在外面！那我们赶紧走，加持你来坐镇指挥室，我和天启过去就行。”
初号机在昨天就被封印带走离开日本，碇源堂的离开就注定初号机不会就在日本。
NERV总部指挥室
美里下令众人把第十二使徒坐标显示出屏幕，却发现第十二使徒在总部的机库内，由蓝色图标变成橘色图标！
美里心中一惊，对日向等人说：“把中央教条区域的层层禁闭门全部封锁！给天启他们拖延时间！”
青叶茂双手止不住颤抖，冷汗直冒：“不行！下降速度太快了！来不及！”
加持出现在司令楼位置上，神情稳重对下面的众人安抚道：“不要乱了阵脚！按照葛城上校的指挥，把禁闭门全部关上，能关多少层就关多少层！”
加持内心还是感到诧异，这一切发生的太快了，根本没给他反应的时间。完全是刚好撞上一样。
碇源堂他们前脚刚带着被封印的初号机离开前往伯大尼基地，后脚就被新的使徒赶上了。
不对，事情的前后发生太怪了！
这未免算的太准了！
和黄哲田在赶往机库的路上，渚薰突然停住了脚步，眼神犀利道：“不对，我和Mark.06机体切断联系了。”
黄哲田转过头对渚薰说：“你现在去往指挥室，六号机被夺取就让我下去阻拦。”
渚薰叹息道：“来不及了，它已经到地下的中央教条区域，现在做的只有疏散人群。总部在黑之月内不会被反AT.立场核化波及到……”
NERV总部地下核心
中央教条区域
被第十二使徒附身的Mark.06机体正用绝对领域把关闭上的紧闭门一扇一扇打开，慢慢降落到下面。
NERV总部能被第十二使徒这么快入侵且轻而易举的，还是因为总部探测设备被摧毁的差不多，再加上六号机被停留在NERV总部外面，正好被第十二使徒趁虚而入。
预留给六号机机库的位置其实是有的，但总部有限的维修和资源都用在战损的特号机和二号机的机体上。
再加上六号机是碇源堂要求渚薰留在外面，说是可以填补防御线。
渚薰也没有料到第十二使徒会这么快就过来，这是他想不到的。
其实也不怪渚薰，毕竟他怎么能和碇源堂这种老狐狸比呢？
黄哲田对渚薰说：“我先下去阻止，后面就看你们的。看能不能联系的上碇司令他们，不然新的第三次冲击又要重新开始！”
说完，黄哲田快速赶往中央教条区域的通道。
指挥室内
加持把消息传给了在飞行器上的碇源堂两人。
两人给出的回复是：“无论如何，都要拖延时间等分部的人过来。”
听到这话的加持，瞬间明白——NERV总部被抛弃了！
新的第三次冲击仪式又要开始！
青叶茂把地下的中央教条区域图标放出来，对大家汇报：“不行了！它已经到达下面的人核心区域，正在靠近……”
话还没有说完，整NERV个总部发生剧烈的上下震动！
大家很明显感觉到整个总部在上升，这种直观的感受让美里知道，第十二使徒已经接触到莉莉丝！
可NERV总部想要按下自爆程序引爆却没有办法，根本没有探测到第十二使徒的信息。
显示结果只有Mark.06机体！
美里看向司令楼上方的加持，只见对方脸色阴沉，加持朝美里摇摇头。
加持对着下方的众人说出事情的真相，他要摊牌了。
“在场的所有人都听好了，接下来我说的事情你们要做好心理准备。”
指挥室内所有人员抬起头看向加持。
加持脸色少有的严肃和认真：“NERV的目的较为复杂，NERV表面上的任务是开发、研究EVA以及对使徒进行调查、研究，同时将之捕获、歼灭，以预防第三次浩劫。实质上，它是SEELE的执行机构，按SEELE的指示执行“人类补完计划”，通过歼灭所有使徒，完成人类补完。
NERV与SEELE皆被碇源堂完全架空，成为其实现个人野心的工具。碇源堂的目的可能是通过引发第三次冲击等方式，实现自己个人愿望！
还有另外一个组织——SEELE！它是一个神秘且具有巨大影响力的组织。
SEELE早在“第二次冲击”之前就已存在，是不为世人所知的秘密结社组织，触手遍及世界各地，能干涉联合国事务。其中心人物是基路·洛仑兹，最高层成员人数不明。
SEELE的目标是遵循“死海古卷”的剧本，通过引发“冲击”事件来启动人类补完计划。他们想 exterminate all life on earth and replace it with lifeforms born with the “fruit of life”，即消灭地球上的所有生命，用带有“生命之果”的生命形式取而代之，人工促进人类进化为完全的神。
与NERV的关系，SEELE是NERV的幕后操纵者，通过掌控NERV来推行人类补完计划。”
说完这些，加持停顿一下，对大家说：“怎么？是不是觉得很荒谬？但这就是事实，我手上的证据多的是。毕竟我是在你们碇司令身边的人，事到如今我不得不说出这些。所以大家赶紧组织起来，把总部能用的上东西转移走，这里已经不能再待下去！”
整个指挥室的人们议论纷纷，但看到碇源堂拿出一份补完计划的复制文件U盘放上屏幕，大家这才相信。
赤木律子呆呆看着屏幕上的一句一言，她内心的大厦瞬间崩塌。
中央教条区域入口
特号机X从入口一跃而下，背后的两个涡轮喷气发动机一声轰鸣，在留下一个团雾气直接加速冲下去！
轰！！！
黑之月核心处，黄哲田感受到脚底下的地面正在明显上升！
被朗基努斯之枪钉在十字架上的莉莉丝被第十二使徒入侵的Mark.06机体拔出来。
此时的六号机手上拿着一把渚薰从月球带来的卡西乌斯之枪，另外一只手拎起被它砍下莉莉丝的头颅。
失去头颅的身体，脖颈缺口的鲜血像瀑布一样，哗啦啦流下来。
黄哲田看后发现还有一把朗基努斯之枪没有出现，扫描眼一看，长枪插在莉莉丝的脚底面上。
体型有些变大的六号机头顶处呈现一个大型光环，六号机被十二使徒控制后整个机体硬生生钻入莉莉丝的脖颈里！
它要开启第三次冲击！
生命果实和献祭一个使徒以及回归亚当融入莉莉丝各种条件都具备，接下来就是打开GUF之门！
黄哲田控制特号机X飞向莉莉丝脚下的朗基努斯之枪，一把捡起来来到巨型化的六号机面前，对准六号机脑门用力一戳！
叮——哐！！！
特号机X全力一击被六号机手中握住的卡西乌斯之枪一个撞击错开，紧接着六号机眼手掌粒子变形，亮起一个十字架光柱！
轰——轰！！！
从六号机变形的手掌发射出的一道镭射激光擦着特号机X头部打向后方，爆炸的热浪在特号机X身后墙壁升起！
特号机X把朗基努斯之枪抽回来，后退一步后观察四周。
原著中的加持能用飞行器来阻止被第十二使徒控制的六号机发起第三次冲击，那一定有原理。
那时候的渚薰很可能参与进来，就算六号机被第十二使徒控制。加持也没那个能力封印得了，肯定是有渚薰的帮助下才能完成！
只不过自己到来后出现了蝴蝶效应，剧情大概有偏差改动。
用卡西乌斯之枪转化为朗基努斯之枪，两把长枪对应封印住六号机和莉莉丝。
停止第三次冲击仪式，就要从六号机手上夺取卡西乌斯之枪！
NERV总部地上新第三东京城市
大地裂开，红色反核污染急剧占领日本每一寸土地，绿色的十字架（灵魂之光）密密麻麻拔地而起。
被第三次冲击仪式召唤出的GUF之门遮住整个天空，并且还在不断扩大范围！
在新第三东京城市下方的NERV总部同样也不能被幸免，黑之月从地下慢慢升空破土而出。
NERV总部最后悬浮在空中，这时的NERV总部露出最终的面貌。
一个倒立的巨型三角体，三角底面上就是如今的总部！
黑之月被地底下吸出来，这片区域的重力不再是正常化。
地面一切物体都被吸入上空的GUF之门，整个天地都是一片血红色！
太空的月亮渐渐靠近地球，月亮整体出现红色的经纬线。
被冲击的境界浪潮席卷整个世界，净化到的人类都进化成‘Infinity’，它们是人类灵魂的物质化。
模样是以初号机的模样来作为新的进化生命，但到最后也就是进化失败的新生命。
这个时候的Infinity的头部还没有自动断掉，因为GUF之门还在开启，它们要汇聚GUF之门形成最终生命。
一个个Infinity从地面浮现成型，然后统一往GUF之门的方向走去，也就是黑之月。
NERV总部
加持带领众人来到NERV总部的封闭机场。
巨门缓缓打开，灯光亮起。
一架巨型飞舰出现在大家眼中，那是希望号！
长长的双翼，机身底部下的多个红色眼睛的头颅。肋骨环绕的机身和尾部，还有机身有多台炮塔和三个巨型雷达。
加持转过身对美里一行人说：“你们驾驶这架Wunder战舰离开这里，总部的资料也一并带上。等第三次冲击仪式中止后，你们就在没有被净化的地方作为总部，来对抗碇源堂和SELLE他们。”
在这一路上，自己暗中组织的成员好不容易拿下NERV总部，清除掉记录碇源堂的爪牙一举拿下总部。
安放Wunder战舰的机场被加持打开，虽然Wunder战舰上的动力源初号机被碇源堂带走，但内部还有一个仿生核心在。
启动和使用还是可以足够他们一行人离开的，至于怎么操作Wunder战舰自然是加持组织的成员来。
加持拿出一根烟，愉快的吐吸后，对美里和赤木律子说：“幸存者必须安排妥当，那是我们人类最后的希望。你们现在背负着人类的希望，这里迟早会被NERV杀回来，不宜久留。”
美里似乎感应到了什么，握住加持的手问：“你现在是不是有事什么要去做？”
加持抚摸美里的脸，咧嘴笑道：“什么都瞒不过你，我要去帮天启了。他还在下面苦战呢。他现在需要我的帮忙……”
美里慢慢松开放在加持的手，眼神担忧看着对方。
加持从自己胳膊上拿下一块沾有鲜血的蓝色布条递给美里：“这是希望和不屈的意志，我建立起来的组织wille今后就交给你了。至于我们还能不能活着出来，还不好说，所以……再见。”
说完，加持戴上头盔走向飞行器。
机门盖上，加持启动飞行器向裸露出来的中央教条区域飞下去。
而渚薰呢？
在一旁观望，他并没有出手，也没有出手的意义。
他不仅不阻止。还要帮助加持他们再一次终止第三次冲击仪式。
后面的他只要看好NERV总部等待碇源堂他们回来就行，总部现在的一切都不用管。
这也是碇源堂的意思，同时也是碇源堂计划的一部分。
中央教条区域
特号机X双手握住两把长枪——朗基努斯之枪和卡西乌斯之枪。
六号机被特号机X用朗基努斯之枪死死钉在莉莉丝身上贯穿，可另外一把枪却没法插入另外一边。
一旦特号机松开，六号机就会重新掌握回朗基努斯之枪。
就在这时候，上空传来飞机发动机的轰鸣声。
抬头一看，是加持驾驶飞行器过来了！
而且飞行器下方还有个机械爪！
不对！加持能中止第三次冲击肯定是少不了渚薰的帮助，那渚薰去哪里了？！